自然保护区是对有代表性的自然生态系统、珍稀濒危野生动植物物种的天然集中分布区、有特殊意义的自然遗迹等保护对象所在的陆地、陆地水体或海域，依法划出一定面积予以特殊保护和管理的区域。云南是全球生物多样性最丰富的地区之一，受到国内外的高度关注和重视，被列为国际生物多样性的热点地区。云南省自然保护区集中保存了全省最为原始、完整的森林生态系统和最为丰富的生物多样性，属高生态系统服务功能区域。
云南省1958年开始筹建第一个自然保护区--西双版纳自然保护区。当时云南省人民委员会拟建24个自然保护区，但限于历史条件 ，没有得到完全落实。1980年9月全国自然保护区区划工作会议后，省人民政府分别于1983年、1984年、1986年批复建立了30个自然保护区。20世纪80～90年代期间，陆续制定了一系列地方性条例、办法和细则。主要有《云南省森林和野生动物类型自然保护区管理细则》、《云南省自然保护区管理条例》、《云南省珍稀动物保护名录》等。20世纪80年代以来，自然保护区事业蓬勃发展，数量和面积增长很快。 截至2012年12月，全省已建各种类型、不同级别的自然保护区 156个，总面积281.18万公顷，占全省国土总面积的7.1%。位居全国自然保护区数量第6位，总面积第9位。其中，国家级19个，省级38个，州（市）级57个，县级42个。按类型分：森林生态系统类型92个，湿地生态系统类型16个，野生动物类型20个，野生植物类型10个，地质遗迹 7个，古生物遗迹 2个，自然文化综合体类型保护区有9处，初步形成了类型齐全、布局合理、结构科学并发挥重要生态保护和生物多样性保护功能的自然保护区网络。西双版纳和高黎贡山两个国家级自然保护区被联合国教科文组织列入人与生物圈保护区网络，成为云南第一批联合国人与生物圈自然保护区。