2016年9月1日《中华人民共和国慈善法》开始施行，省杨善洲绿化基金会作为公募基金会，须依法向登记管理机关申请认定为慈善组织后，才能申请取得公开募捐资格和依法开展公益事业。根据民政部下发的《关于慈善组织登记等有关问题的通知》和《慈善组织认定办法》，省杨善洲绿化基金会于2017年1月20日召开第一届第十三次理事会议，履行内部程序，讨论并表决通过了拟向省民政厅申请为慈善组织的议题。2017年按省3月21日，按省民政厅《关于慈善组织认定办事指南》的要求，基金会向省林业厅上报《云南省杨善洲绿化基金会关于申请认定为慈善组织的请示》（善洲绿基会〔2017〕5号），对此省林业厅高度重视，按省民政厅对基金会申报工作提出的意见，先后两次对基金会的申报请示进行了专题研究，并于2017年4月13日以《云南省林业厅党组关于云南省杨善洲绿化基金会申请慈善组织和公开募捐资格的批复》（云林复〔2017〕号），同意基金会申请认定为慈善组织和申请公开募捐资格，并要求基金严格按照民政部门对申报慈善组织和公开募捐资格的要求和程序，做好向登记管理机关的报批工作。
2017年4月18日，云南省杨善洲绿化基金会向省民政厅上报了《云南省杨善洲绿化基金会关于申请认定慈善组织和公开募捐资格的请示》（善洲绿基会〔2017〕6号）。在经省民政厅主管处室审核后，依据民政部下发的《慈善组织认定办法》（民政部令第58号）、《慈善组织公开募捐管理办法》（民政部令第59号）和《民政部关于慈善组织登记等有关问题的通知》，以及省民政厅下发的《慈善组织认定办事指南》和《慈善组织申请取得公开募捐资格办事指南》的相关要求，对基金会申报认定慈善组织和公开募捐资格存在的法人治理结构问题提出了整改要求。
2018年5月22日，云南省杨善洲绿化基金会举行第二届第一次理事会议，完成第二届理事会换届选举工作。并按换届理事会议表决要求，再次向省林业厅上报了《云南省杨善洲绿化基金会关于申报慈善组织和公开募捐资格认定的请示》（善洲绿基会〔2018〕6号）。2018年6月1日，省林业厅再次以《云南省林业厅关于同意云南省杨善洲绿化基金会申报慈善组织和公开募捐资格认定的批复》（云林发〔2018〕16号），同意并支持基金会继续开展慈善组织和公开募捐资格申报工作。
2018年6月4日，云南省杨善洲绿化基金会再次向省民政厅上报了《云南省杨善洲绿化基金会关于申报认定慈善组织和公开募捐资格的请示》（善洲绿基会〔2018〕7号）。在基金会2018年7月2日召开第二届第二次理事会议再次对理事会进行调整完善的基础上，7月23日省民政厅批复认定基金会获得慈善组织和公开募捐资格，为基金会依法依规开展公益慈善活动打下了扎实的基础。