云南是中国17个生物多样性关键地区之一，是全球生物多样性热点地区的核心和交汇区域。“十三五”以来，云南林草部门积极探索生物多样性有效保护路径与机制，亚洲象、滇金丝猴等野生动物种群数量持续增长，巧家五针松、华盖木、滇桐、云南金钱槭等67种野生植物种群得到有效保护和恢复。
5年来，云南实施极小种群野生植物拯救保护项目120多个，建成30个保护小区（点）、13个近地和迁地基地（园）、5个物种回归实验基地。2014年以来，共核定野生动物肇事保险案件13万余件，兑付保险金2.97亿元。
云南还加强与老挝、缅甸、越南等毗邻国家联合开展跨境生物多样性保护，建立了面积约20万公顷的“中国西双版纳-老挝北部三省跨边境联合保护区域”，并与越南签署了边境林业及野生动植物保护合作协议。
云南以热带雨林、干热河谷、高原沼泽湿地等10个重要生态系统和云南松、思茅松、沉香等10个重要树种为重点，创新开展林业科技“双十行动”。“十三五”以来，列入国家林草局成果管理库科研成果160个，推广林业优良品种和技术234项，建立科技示范基地233个，已建立各类林木种子生产基地5551个82.8万亩。