近期，大理大学、省林业调查规划院大理分院和祥云县林草局在祥云水目山自然保护区联合开展的科学考察。
保护区内记录到维管植物110科252属334种，其中包括原生种子植物92科218属296种，而种子植物区系的主体成分主要分属蔷薇科、菊科、禾本科和蝶形花科，调查发现国家Ⅱ级重点保护大型真菌——松茸，以及云南省Ⅲ 级重点保护野生植物：长梗润楠、云南枫杨和猴子木；共发现16种兽类，分属于5个目，11个科；共记录鸟类 77 种，列入中国国家重点保护野生动物名录的有 8 种，占保护区已知鸟类种数 10.4%。列入 CITES 附录的物种有 6 种，占保护区已知鸟类种数 7.8%，列入中国物种红色名录(蒋志刚等2016年著)受威胁的物种有 1 种，占保护区已知鸟类种数 1.3%。其中国家Ⅰ级重点保护野生动物有黑颈长尾雉，国家Ⅱ级重点保护野生动物有白鹇、白腹锦鸡、林鵰鸮、 红隼、游隼、普通鵟、黑翅鸢等 7 种；调查到两栖爬行类27种，其中两栖类13种，爬行动物14种，发现国家Ⅱ级重点保护两栖动物红螺蝾螈，并首次在大理州境内记录到蓝尾蝾螈。
经过多年不懈努力，水目山自然保护区森林生态系统保存完好、物种丰富，已经成为祥云县西南部重要生态屏障和生态文明建设的示范窗口。保护区成立时，保护区类型初步定为森林、风景类型，主要保护对象为古山茶、森林及风景资源。经过本次综合科学考察，将保护区类型定为森林生态系统类型自然保护区，主要保护对象为：保护以国家Ⅰ级保护动物黑颈长尾雉为代表的珍稀濒危野生动物及其栖息环境，以及水目山古寺庙周围保存完好的森林生态系统、古树名木和三甲水库重要的水源涵养林地。
此次科考活动是保护区管护机构设置以来的首次较全面的科学考察，在之前局部考察的基础上更加全面的摸清了保护区的本底状况。下一步，祥云县将严格以既有各类规划和“十四五”规划为引领，积极向上争取资金和项目，进一步加强能力建设，增设管护站点，完善基础设施，加强管理和增加科技人员，加强人员培训和与科研院校合作，提高管理能力和水平。
通讯员 杨跃武 贾孟刚