2021年9月7日，国家林业和草原局、农业农村部联合发布公告（2021年第15号），公布了新调整的《国家重点保护野生植物名录》（以下简称《名录》），收录野生植物455种加40类，包括一级保护野生植物54种加4类，二级保护野生植物401种加36类。对照《名录》，云南省分布的国家重点保护野生植物有89科542种，约占全国种类数量的48.1%，其中有212种在中国仅分布于云南。按保护级别分，一级保护野生植物57种、二级保护野生植物485种；按管理权限分，由林草部门管理341种，由农业农村部门管理201种。与1999年发布的《名录》相比，云南省分布的国家重点保护野生植物种类发生了重大变化。
（一）9种保护级别调整。云南分布的9种野生植物保护级别发生了变化，其中，伯乐树（钟萼木）、多毛坡垒、长蕊木兰等7种由一级调整为二级保护野生植物，毛枝五针松、广西青梅等2种由二级调整为一级保护野生植物。
（二）24种移除保护名录。1999版《名录》列入的玉龙蕨、单叶贯众、油麦吊云杉等24种野生植物被移除，不再作为重点保护对象。其中光叶珙桐因并入珙桐而不再列出。
（三）新增420种保护植物。名录更新后，云南分布的重点保护野生植物新增420种，其中，一级保护植物29种、二级保护植物391种。增长数量最多的是兰科植物，含8属211种。其次是重楼属30种。5种苔藓植物和17种石松类植物首次列入保护名录。具有药用价值的贝母属、黄连属、人参属所有种全部纳入保护范围。此外，云南分布的山茶属茶组植物正式纳入保护名录，即所有的野生茶均受法律保护。受保护的真菌类植物，在原有的虫草和松茸的基础上增加了中华夏块菌。
（四）科属种名称变化。原名录中的法斗观音座莲、二回原始观音座莲名称更改为法斗莲座蕨、二回莲座蕨，七指蕨由以前的七指蕨科调整为瓶尔小草科，鹿角蕨由以前的鹿角蕨科调整为水龙骨科。
（五）管理部门有所调整。《名录》中用“*”区分林草和农业农村部门负责管理的野生植物，主要的分类依据是水生植物、农作物和经济作物的野生近缘种以及具有药用、食用价值的野生植物由农业农村部门管理，其他由林草部门管理。其中，云南利用率较高的松茸原本由林草部门管理，在新名录中归属农业农村部门管理。茶科茶组植物中除大叶茶和大理茶外，其他种类的野生茶归属农业农村部门管理。
云南是我国乃至世界野生植物资源最丰富的地区之一，植被的复杂性和多样性居全国首位，已知高等植物19333种，占全国的50.1%。由于云南生态脆弱，生境独特和隔离，各类群植物普遍呈现分布范围狭窄、种群数量相对较少的特点，按IUCN的标准进行评估，受威胁高等植物数量占全国的52.7%，保护责任重大，任务艰巨。《名录》调整后，云南的野生植物保护任务进一步加重，保护管理工作面临巨大挑战。全省各级林草、农业农村部门将认真贯彻执行《名录》，联合相关部门加强对国家重点保护野生植物资源的保护管理，严厉打击非法采挖、交易重点保护野生植物违法行为，深入推进极小种群野生植物的拯救保护行动，建立健全就地、近地、迁地和种质资源保存体系，确保重点保护野生植物资源安全。