为切实提升全面推行林长制改革成效和工作实效，云南省在全国率先建立省、州（市）、县（市、区）三级督察体系，由三级党委副书记和人大、政协主要领导担任同级总督察和副总督察，按年度由各级人大、政协组织开展林长制督察。
省林长办认真落实督察指示批示要求，深入研究督察反映的情况、指出的问题、提出的建议，按照“共性问题集中整治、个性问题重点关注、典型问题举一反三”原则，将问题从“共性”和“个性”两个维度进行梳理分类。
针对共性问题，从省级层面研究制定具体措施，督促指导相应州（市）整改；针对个性问题，上下联动制定问题清单、责任清单和措施清单，一体推进整改销号，并督促各州（市）党政领导干部层层压实保护发展森林草原资源主体责任，推动各级林长切实履职尽责，以更鲜明的态度、更坚定的决心、更有力的措施，确保督察整改事事有回音、件件抓落实。2023年度省人大、省政协林长制督察指出的51个问题，截至2024年1月底，在16个州（市）的合力整改和省政府督查室的有力指导下，所有问题已作“办结”处理。