极小种群物种是指分布地域狭窄或呈间断分布，长期受到外界因素胁迫干扰，呈现出种群退化和数量持续减少，种群（population）及个体(individual)数量都极少，已经低于稳定存活界限的最小生存种群（MVP），而随时濒临灭绝的野生动植物种类。极小种群物种具有种群数量小、分布生境狭窄、人为干扰严重、濒临灭绝的特点。
《规划纲要》提出了云南省需要保护的极小种群物种名录、保护的总体思路、目标、任务和措施。选择极小种群物种112种。其中野生植物物种62种，含国家Ⅰ级重点保护植物20种，国家Ⅱ级重点保护植物28种，IUCN评价为极危种（CR）45种、濒危种（EN）7种、缺乏数据种（DD）1种，云南省特有30种，在国内仅云南分布3种，在自然保护内有分布39种。野生动物物种50种，含国家Ⅰ级重点保护动物29种，国家Ⅱ级重点保护动物9种，省级重点保护动物1种，IUCN评价为极危种（CR）3种、濒危种（EN）11种、渐危种（VU）20种、缺乏数据种（DD）2种，云南省特有5种，在国内仅云南分布22种，在自然保护区内有分布35种。