根据第二次全国湿地资源调查，我省8公顷（含8公顷）以上湿地分为4类14型（不包括水稻田），湿地总面积56.35万公顷，其中自然湿地面积为39.25万公顷。自然湿地中包括河流湿地24.18万公顷，湖泊湿地11.85万公顷，沼泽湿地3.23万公顷，自然湿地面积占国土面积1.02%。全省调查范围内发现湿地植被型12个，湿地植物群系189个。记录到湿地高等植物2274种，湿地脊椎动物1006种。这些湿地分布在长江、珠江、澜沧江、红河、怒江、伊洛瓦底江等6大水系的源头或上游，具有类型多样、生态功能重要、生物多样性丰富、生态系统脆弱、湿地景观独特等特点，发挥着重要的"基因库"、"水塔"和"碳库"功能。
截止2013年，全省自然湿地受保护面积15.81万公顷，自然湿地保护率40.27%。共有国际重要湿地4处，湿地类型的自然保护区17个，国家湿地公园7个，下一步将逐步完善分类保护管理体系，加强湿地资源的管理。