云南纳帕海省级自然保护区是1984年经省人民政府批准建立的省级自然保护区，主要保护对象为内陆高原断陷湖泊及湖滨沼泽、草甸湿地生态系统、黑颈鹤、黑鹳等珍稀濒危越冬候鸟及其栖息地。保护区建立以来未开展过总体规划编制工作，传统农牧业规模扩大和旅游无序开发等对保护区造成较大干扰。为规范自然保护区管理，香格里拉县林业局委托西南林业大学完成了总体规划编制工作。
2015年4月23日，省人民政府以云政复[2015]18号批准规划实施，要求按照规划认真做好标桩定界，严守生态红线，进一步强化自然保护区的规范管理、资源保护、科研监测工作，不断提升保护区管理规范化、科学化水平。要求加强自然保护区管理机构能力建设，通过加大财政投入、开展森林和湿地生态效益补偿、建立资源有偿使用机制等方式，加大对自然保护区建设和管理资金的投入，解决好当前自然保护区管护设施设备不适应管理需求的矛盾。此次规划的保护区面积2400公顷，采用核心区、季节性核心区、实验区三级区划，其中，核心区面积1092.4公顷，季节性核心区505.2公顷、实验区面积802.4公顷。