近年来，玉溪林业以生态工程建设项目为依托，以资源保护为中心，不断加强自然保护区建设管理水平，截至目前，全市林业系统自然保护区总面积达160万亩。
玉溪市地处滇中腹地，有自然保护区15个，其中林业部门管理自然保护区13个，总面积 160万亩，占全市国土面积的 7.13 %。在全市林业系统自然保护区中，被批准为国家级自然保护区2个，面积54.98万亩，分别为哀牢山国家级自然保护区新平片区、元江国家级自然保护区；市级自然保护区3个，面积24.33万亩；县级自然保护区8个，面积80.4万亩，自然保护区遍布全市七县二区行政区域。
玉溪市将通过自然保护区总体规划、勘界定标、保护管理监测，协调完善自然保护区管护及管理机构，加大自然保护区建设及管理经费投入，恢复和保护好绿水青山，大幅提升玉溪"绿色颜值"。