祥云水目山州级自然保护区，建于1988年，面积15.0平方公里，保护区初步定为森林、风景类型。由于保护区成立时秉持"先保护、后规划、再建设"的指导思想，仅有批复面积而没有确切的范围描述，也没有开展系统的科学考察和规划调查。2018年9月，祥云县开启由云南省林业调查规划院大理分院牵头，大理大学相关行业专家、教授以及县林业局专业人员组建的考察团，对水目山州级自然保护区进行科学考察。
本次考察结果，将植被划分为4个植被型、4个植被亚型和10个群系。共记录维管植物110科252属334种，其中包括原生种子植物92科218属296种，并未发现重点保护野生植物。采用红外相机布点拍摄、访查等多种方式考察，共发现16种兽类，分属于5个目、11个科。其中，现存国家级重点保护野生动物或中国物种红色名录受胁物种6种：北树鼩、青鼬、大灵猫、小灵猫、豹猫、小麂。调查到鸟类77种或亚种，分属9目27科；以雀形目鹟科鸟类多样性最高（有29种）。列入国家重点保护野生动物名录的有8种，包括黑颈雉、白鹇、白腹锦鸡、林鵰鸮、红隼、游隼、普通鵟、黑翅鸢。